中华鲟是我国独有的珍稀水生野生动物，距今已有1亿5千万年的历史，有“活化石”和“水中熊猫”之称。中华鲟主要分布在我国长江流域，属典型的河海洄游性鱼类。因其具有极高的科研价值、学术价值以及所处严重濒危的种群状况，被列为我国国家一级保护动物，并列入《中国濒危动物红皮书》。位于上海市长江口的崇明东滩附近水域，是中华鲟幼鱼唯一的天然栖息地及中华鲟成鱼洄游的必经通道，可以说是中华鲟的“幼儿园”和“待产房”。
    2002年经上海市政府批复同意，长江口中华鲟自然保护区被列为市级保护区。建立长江口中华鲟自然保护区，保护中华鲟及其赖以生存的环境，不仅可以为幼鲟提供一个良好的栖息环境，而且对保护中华鲟物种、改善长江口及附近水域环境条件、保护长江口生物多样性、维持长江流域海洋生态系统的平衡，具有重要意义和不可替代的作用。
    《长江口中华鲟自然保护区管理办法》既明确了保护区责任、管理主体及其职责，又体现了对中华鲟的特殊保护要求。《办法》明确规定，市农委作为保护区的主管机关，应会同崇明县政府负责保护区规划的编制、保护区的建设及相关的管理;市农委所属的长江口中华鲟自然保护区管理处是保护区的日常管理机构;市环保局作为保护区的综合管理机关，负责保护区环境保护的指导和监督;海洋、水务等相关部门按照各自职责协同配合。
    海市政府于2002年确定长江口中华鲟自然保护区的范围为崇明岛东滩，由崇明岛东滩已围垦的外围大堤与吴淞标高5米等深线围成的区域，面积约276平方公里。由于保护区所在的位置属于不断淤涨的滩涂，陆地和水域面积处于变化状态，《办法》规定，保护区的范围可以根据滩涂淤涨、中华鲟分布和活动情况的变化进行必要的调整，并确定了保护区范围的调整程序。
    为减少对保护区的人为破坏和干扰针对中华鲟的活动特点，《办法》将每年的5月1日至9月30日中华鲟幼鱼及产卵成鱼群体集中活动期确定为封区管理期。在此期间，禁止从事渔业等生产经营活动。在非封区管理期间，渔民进入保护区从事捕捞活动的，应当依法办理捕捞许可证。对进入保护区从事科学研究等活动的人员，也要制定总量控制计划。针对近年来保护区范围内出现的排污、爆破、钻探、挖泥、开垦以及滥捕水生动植物，从而给中华鲟及其赖以生存的环境造成严重威胁的现象，《办法》以列举的方式明确规定了六类保护区内禁止从事的行为，并设定了相应的法律责任。
  　针对中华鲟的濒危现状，《办法》分别设置了有别于其他自然保护的、反映中华鲟保护特色的要求:一是规定了误捕或者发现受伤、搁浅、受困和死亡中华鲟情形时的应急救护措施和报告义务以及相应的补偿措施;二是强调保护区管理处建造暂养救护误捕或受伤中华鲟的设施设备，并配备必要的救护人员，负责伤病中华鲟的救护、医治等处置工作;三是规定协助有关部门开展中华鲟的科学研究，组织实施中华鲟的人工繁殖和增殖放流;四是要求开展中华鲟自然资源调查和环境监测，定期对中华鲟的活动规律、种群数量和行为习性进行巡视。