蜈支洲岛古称古崎洲岛、牛奇洲岛，这两名字都有不同的来源。
相传，三亚有一条河，由于上游山民刀耕火种，使植被遭到严重破坏，每逢山洪爆发，山上的泥石砂砾就倾泻而下，经藤桥河流入大海，将清澈湛蓝的海水弄得污浊不堪。
海龙王遂将此事报告给玉皇大帝。于是，玉帝用手中神剑将距离此地七公里的琼南岭角之山岭截去一段，并命两头神牛前去堵住河口。谁知途中被一人发现，点破了天机，神牛不动了，化作两块巨石，山岭变成了岛屿。因此神奇传说，此岛得名古崎洲岛，两块巨石人称姐妹石。
后在海南设立三亚市的时候，政府部门在核实各地地名的时候，当地渔民提供了一种说法，认为该岛很象一种名为“蜈支”的海洋生物，遂将该岛改名为蜈支洲岛，并沿用至今。
早在1986年广东省政府按照《地名管理条例》把这个岛命名为牛奇洲岛，2006年按照有关规定正式命名为牛奇洲岛。
另一说是蜈支洲岛又名情人岛，其名字的由来，也有一个美丽的传说。
很久很久以前，一个年轻人在海上打鱼，突遇风浪把船打翻，将他漂到一座荒岛上。在岛上，他以打猎为生。一天，他到海边打鱼，忽然发现一位美丽的姑娘正在沙滩上拾贝。他到这里这么久从来没有发现过人，她是从哪里来的呢？这时姑娘也正望着他甜甜的笑呢！姑娘主动上前与他聊了起来。原来她是龙王的女儿，因为贪玩跑到岸边。
两人聊的特别投缘，从那以后俩人约定每天在这里见面。日子一天天过去，俩人谁也离不开谁了，后来俩人就在一起生活了。白天一起打猎，夜晚一起在沙滩漫步，过着只羡鸳鸯不羡仙的生活。
转眼一年过去了，小龙女想家了，可是她已经离不开小伙子了，但又怕父王知道此事后会怪罪。最后俩人商定，由小龙女回去把此事告诉龙王，请求他成全他们俩，三天后在他们最初见面的地方再重逢。自从姑娘走后，小伙子每天都站在那里盼她回来。三天很快过去了，小龙女还是没有回来。小伙子心急如焚，每天站在海边大声呼喊姑娘的名字。
原来姑娘回去以后把她和小伙子的事情告诉了龙王，龙王大怒，下令把她关了起来，不准她再到人间。姑娘日夜思念小伙子，终于有一天趁看守不备跑了出来。龙王很快知道了，在后面紧追不放。眼看着这对痴情男女就要相拥了，在后面紧紧追赶的龙王大怒，大喊一声，用了一个定身术，将两人变成了两座大石头。
千百年过去了，经历了潮起潮落洗礼的两座大石头，依然矗立在那里，静静相望，近在咫尺却远在天涯。后来，人们为了纪念这对痴情男女，把这里叫做“情人岛”。现在，这里也成了青年男女耳语、听涛的好地方。
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